Kurikulum adalah seperangkat rencana dan pengaturan mengenai tujuan, isi, bahan pelajaran, dan cara yang digunakan sebagai pedoman penyelenggaraan kegiatan pembelajaran untuk mencapai tujuan pendidikan. Tujuan tersebut meliputi tujuan pendidikan nasional serta kesesuaian dengan kekhasan, kondisi dan potensi daerah, satuan pendidikan dan peserta didik. Oleh karena itu, kurikulum disusun oleh satuan pendidikan untuk memungkinkan penyesuaian program pendidikan dengan kebutuhan dan potensi yang ada di daerah.
Kurikulum yang digunakan di SMP BOPKRI 3 Yogyakarta ini mengacu pada Kurikulum Merdeka. Kurikulum tersebut diterapkan berdasarkan peraturan yang ada dengan penyesuaian berdasarkan potensi sekolah dan kearifan lokal yang ada.
Pada masa pandemi Covid-19 yang lalu kurikulum diatur secara khusus agar dapat memfasilitasi seluruh pihak yang terkait tanpa mengurangi esensi dari kegiatan belajar mengajar yang ada dilingkungan SMP BOPKRI 3 Yogyakarta. Memasuki masa endemi kurikulum disesuaikan dengan era dan tuntutan situasi dan kondisi yang ada.
Pada saat ini kurikulum di SMP BOPKRI 3 Yogyakarta menekan pada pengembangan 3 aspek utama yaitu pengembangan manusia, penumbuhan dan penanaman daya cipta serta pengembangan manusia yang berbudaya.
Pengembangan 3 aspek utama tersebut dilakukan dengan berbagai bentuk kegiatan mulai dari kegiatan pembiasaan, pembelajaran reguler (intrakurikuler), ko kurikuler dan ekstrakurikuler dengan memasukkan kekhasan SMP BOPKRI 3 Yogyakarta sesuai dengan nilai yang kami miliki yaitu kasih, integritas dan pelayanan yang tulus. Penumbuhan jiwa kepemimpinan murid menjadi salah satu kunci pengembangan utama di SMP BOPKRI 3 Yogyakarta. Melalui berbagai kegiatan yang menumbuhkan semangat kepemimpinan maka murid mampu mengembangkan dirinya sehingga dapat memiliki daya cipta dan menjadikannya budaya bagi dirinya sendiri maupun lingkungan sekitar.
Kurikulum tersebut secara periodik dilakukan evaluasi dan pengembangan untuk peningkatan kualitas pendidikan yang ada di lingkungan SMP BOPKRI 3 Yogyakarta.